Shorinji Kempo grundades i oktober 1947, i den lilla staden Tadotsu, på ön Shikoku i Japan. Grundare var en man vid namn Doshin So, men som ofta kallas Kaiso, vilket betyder just grundare. Doshin So föddes 1911 och tillbringade en stor del av sin ungdom hos sin farfar i Manchuriet (nuvarande Dongbei-provinsen i Kina). Hans farfar var även känd för sin budo, främst kendo, sojutsu (spjuttekniker) samt jujutsu. Doshins farfar undervisade honom i kampkonster så fort han hade tid.

So Doshin arbetade som ung, från 1928 fram till 1946 i några omgångar, åt den japanska underrättelse-tjänsten i Kina. Han reste under täckmanteln som munk tillsammans med en lärare, vid namn Chen Liang. Detta var Doshins första kontakt med buddhismen. Mäster Chen var dessutom lärare i kinesisk kampkonst och Doshin lärde sig tekniker av Mäster Chen så fort det fanns tid. Senare kom Doshin i kontakt med Mäster Chens lärare, den berömde Wen Taizong. Mäster Wen hade i sin ungdoms dagar varit munk i Shaolintemplet. Med Mäster Chens introduktion fick Doshin möjligheten att bli direkt elev till Mäster Wen. Under hösten 1936, vid en ceremoni i Shaolintemplet, blev Doshin utnämnd till mästare av 21:a generationen i Norra Shaolin Giwamon Ken. Efter att ha levt både på ockupationsmaktens sida och på den ockuperades sida under Sovjet, insåg Doshin att det inte är en persons nationalitet som avgör vilken typ av människa någon är, utan det är kvaliteten på individen. Efter sina upplevelser i Kina, under kriget, kände Doshin So att han ville lära ut sin syn på Vägen. Han ansåg att det som stämde bäst överens med hur man bör leva sitt liv var den filosofi som Buddha predikat. Dock var Doshin So mycket kritisk till det sätt som Buddismen i Japan vid denna tid såg ut. Det handlade mest om att utföra ceremonier och mässa sutror, samt att ta betalt av folket för dessa tjänster. Doshin So ansåg att det vid den här tiden inte fanns en enda buddistisk organisation som lärde ut Buddism på ett sätt som stämde med dess ursprungliga syfte. Han ansåg att Buddhas lära innehöll något som kunde ge människor både mental och fysisk frid. Han ville undervisa människor i detta då han var övertygad om att det skulle hjälpa dem. Men att få människor att komma och lyssna på hans undervisning var inte lätt. De få som kom, stannade inte särskilt länge. Kaiso insåg att han måste ha något som kunde fånga människornas intresse. Detta var något som han grubblade på länge. En natt hade han en dröm, han såg en skäggig Daruma som sa något till honom och sedan gick iväg. Doshin So försökte att följa efter honom, men benen bar honom inte och han skrek; ”Vänta!”, men Daruma försvann. Efter att ha grubblat över vad denna dröm egentligen hade betytt, insåg plötsligt Kaiso svaret. Han skulle undervisa i kamptekniker, precis som Daruma hade gjort i Shaolintemplet i Kina. Han organiserade de olika kamptekniker han hade lärt sig till ett system och undervisade det tillsammans med sin filosofi. Detta var starten på Shorinji Kempo som grundades i oktober 1947. 1950 var Shorinji Kempo etablerat som en religiös organisation. Ett skäl till detta var att den Amerikanska ockupationsmakten inte tillät organisationer med anknytning till Bushido efter kriget, men dessutom hade Shorinji Kempo alltid lärts ut med filosofiska syften. 1951 fick organisationen officiellt erkännande som den religiösa sammanslutningen Kongō Zen Sōhonzan Shōrinji 金剛禅総本山少林寺. Under 50-talet började organisationen spridas och växa sig starkare, man började ha allmänna uppvisningar och embu taikai. Under 60-talet dök Shorinji Kempo upp i nationell TV i olika sammanhang. Detta medförde en markant ökning av dess popularitet. 1956 grundades Nihon Shōrinji Bugei Senmon Gakkō 日本少林寺武芸専門学校, efter att ha bytt namn ett par gånger blev det skolan Zenrin Gakuen 禅林学園 som erbjuder utbildning i Shorinji Kempos anda.

1963 grundades Shadan Hōjin Nihon Shōrinji Kempō Renmei 社団法人日本少林寺拳法連盟 Sammanslutningen (Japanska Shorinji Kempoförbundet), vilket idag officiellt är Ippan Zaidan Hōjin Shōrinji Kempō Renmei (一般財団法人少林寺拳法連盟 Stiftelsen Shorinji kempo-förbundet).

1972 bildades Kokusai Shōrinji Kempō Renmei 国際少林寺拳法連盟 (International Shorinji Kempo Federation, ISKF). 1974 ombildades ISKF till Shōrinji Kempō Sekai Rengō 少林寺拳法世界連合 (World Shorinji Kempo Organization, WSKO) för att knyta samman de förbund i olika nationer som Shorinji Kempo hade spridits till. 1980 dog Doshin och hans då 24-åriga dotter Yuuki tog över ledarskapet inom organisationen. I Japan och övriga Asien användes tate manji som symbol för Shorinji Kempo, i många länder i väst användes istället tate ken då manji (卍) oftast missförstods. För att kunna ha en och samma symbol i hela världen ändrades den 1 april 2005 Shorinji Kempos symbol till soen. Idag (maj 2009) har Shorinji Kempo spridits till 34 länder utanför Japan, och fortsätter sakta men säkert att växa.